脱硝过程是利用氨将氮氧化物还原，反应产物为无害的水和氮气，因此脱硝过程不产生直接的副产物。可能造成二次污染的物质有逃逸的氨和达到寿命周期的废催化剂。

逃逸的氨随烟气排向大气，当逃逸氨的浓度超过一定限值时，会对环境造成污染，因此氨逃逸水平是脱硝装置主要的设计性能指标，也是脱硝装置运行过程中必须监视和控制的指标，脱硝装置的氨逃逸水平典型的设计值为≤3ppm。当氨逃逸量超过此限值时，应更换催化剂。

废催化剂可用作水泥原料或混凝土及其它筑路材料的原料或返回厂家处理从中回收金属、再生等。

在减少氨逃逸上，使用合理设计的脱硝喷枪，可降低氨逃逸。